تحددت صلاحيات مجلس إدارة الهيئة العامة للرقابة المالية اللازمة لتحقيق أغراضه بموجب المادة العاشرة من قرار رئيس الجمهورية رقم 193 لسنة 2009 باصدار النظام الأساسى للهيئة العامة للرقابة المالية على الأخص مايلى :
- وضع الإستراتيجية العامة للهيئة والسياسات التنفيذية ومراقبة تنفيذها.
- وضع القواعد التنفيذية لتنظيم الأنشطة التى تختص الهيئة بالرقابة عليها.
- وضع قواعد الرقابة و التفتيش على الجهات الخاضعة و الأفراد الخاضعين لرقابة الهيئة.
- تحديد مقابل الخدمات التى تقدمها الهيئة للغير.
- إعتماد الهيكل التنظيمى للهيئة واللوائح المالية و الإدارية و شئون العاملين دون التقيد باللوائح و النظم المعمول بها فى الهيئات العامة والحكومية بهذا الشأن.
- وضع قواعد الإستعانة بالخبرات المحلية و الاجنبية لمعاونة الهيئة فى القيام بعملها.
- الموافقة على الموازنة التقديرية للهيئة و على حسابها الختامى و ضع قواعد إستثمار أموال الهيئة.
- تحديد فئات رسم التطوير المنصوص عليه فى المادة الرابعة عشرة من القانون رقم 10 لسنة 2009
- إبداء الرأى فى كافة مشروعات القوانين و اللوائح و القرارات المتعلقة بإختصاصات الهيئة بالأسواق و الأدوات المالية غيرالمصرفية.
