يشكل مجلس إدارة الهيئة العامة للرقابة المالية بموجب المادة الثامنة من قراررئيس الجمهورية رقم 193 لسنة 2009 باصدار النظام الأساسى للهيئة العامة للرقابة المالية برئاسة رئيسها وعضوية كل من :
- نائبى الرئيس
- نائب محافظ البنك المركزى المصرى الذى يختاره محافظ البنك
- خمسة أعضاء من ذوى الخبرة فى المجالات الإقتصادية ، و المالية، والقانونية يرشحهم وزير الإستثمار.
ووفقا للمادة التاسعة من النظام الأساسى للهيئة يعتبر مجلس إدارة الهيئة هو السلطة العليا المهيمنة على شئونها و تصريف أمورها ووضع و تنفيذ السياسات اللازمة لتحقيق أغراضها و أهدافها، و له فى فى سبيل ذلك أن يتخذ ما يراه لازما من قرارات نهائية لمياشرة إختصاصات الهيئة دون الحاجة لإعتمادها من جهة إدارية.
ووفقا للمادة 12 من اللائحة التنفيذىة يجتمع مجلس إدارة الهيئة مرتين على الأقل كل شهر.
